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科学家认为，当年地球遭遇巨型陨石袭击时，大量灰尘被推入大气层中，遮蔽了阳光，降低了植物的光合作用，进而对全球各地的生态系统造成毁灭性的影响，令地球上的大部分生物包括恐龙灭绝，而苹果的祖先却死里逃生，通过进化获得了新生。
科学家对苹果的基因组进行分析后发现，该事件让苹果树的祖先发生了巨大的基因突变，它某些染色体中的大部分基因（这些基因与水果的发育有关）不断自我复制扩张至其他染色体中，这些额外增多的基因，让它可以在更为严苛的环境下生长，并结出更大、更结实、更鲜美多汁的果实，同时也令它最终成长为一棵树，而非维持在灌木状态，从而促成了苹果树和苹果的出现。
研究表明，苹果的基因组包含有7亿多个碱基对。这将有助于育种专家和科学家从基因水平上分析苹果性状，了解哪些基因决定了苹果独特的口感、香味和颜色，进而可以通过基因改造或配种来获得可以在更恶劣的环境下生存的苹果树，也获得更脆甜多汁的苹果新品种。
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