请问AIR和他的剧场版为什么有很多不同的地方？

因为剧场版的长度根本就表现不出AIR的整个故事，所以剧场版的监督干脆就采取个人写意发挥的形式。

你也可以把剧场版理解为某种意义上的以AIR原作为基础的同人作品。