2015~16年主要的故事展开:
时空帧#16161的三界——科界,幻界,数界的高层都侦测到了大幅度的时空扰乱现象。并且都进行了对应的措施进行应对。
但是,从幻界派出去的到科界和数界的信使,被一群来自于科界,受命于某不具名人物的,自称为Kindred的人所影响。
他们是一批已经和从异世界来的人物建立起同伴关系的人,为了利益以及其他原因,来截留往科界和数界去的信使。
这个计划异常地成功——本来要去数界的信使,被这群人掌握的迷之科技——白灯所影响,受到了致死程度的伤害,自然信就收不到了。
而预计要送去科界的信息,因为卧底在科界联合国总部的Kindred成员的缘故,在被观测到之前就被卧底销毁——就算没有被销毁,在白灯影响之下,那批官员们也和行尸走肉没有区别了。
与此同时,更多的平常人也捡到了从异世界来的住民,并且展开了自己各异的冒险。但是他们对Kindred造成的乱流一无所知。虽然其中有隶属于某军事机关的『森罗』或者有名的杀手,他们也并没有完全发现Kindred正在进行的计划。Kindred对这些平常人也进行过各种干扰,但是所幸一直以失败告终。
幻界高层发现信息没送到,并且开始准备紧急预案(例如找到旧人大统领,以及将英雄部队明月哨兵团派出等)的时候,来自平行时空帧的『斗界』的入侵开始了。
虽然Kindred的三位成员对斗界的入侵做出了不可磨灭的贡献,然斗界从一开始就没将这群人看成弃子之外的东西,所以他们反而成为了斗界特殊别动队『Beta队』要暗杀的目标。
这次暗杀被完美地被幻界妖精Linq,以及其救出的女大学生安妮·道尔,艾米莉·赫兰,还有外界人少名针妙丸挫败,然而Kindred3人其中1人重伤濒死,其余2人下落不明(只能说是没死)。连Linq都不知道这次行动意义何在,只是保证了安妮一伙人的安全而已。
不为人知的是,重伤濒死的前Kindred成员杰克·舍利弗并没有真正死去,而是被一直观测着时空帧#16161的具有抑制力的存在的『星灵』选中进入天界,因为星灵无法从物理上干涉三界的动向。杰克接收到星灵的委托后,于一个月后重返幻界,目前被收留于妖精乡内,和剩余的科界·数界领导人共同行动。
另外一方面,被Beta队携带的试作性湮灭装置击中的剩余两位Kindred成员,却在一处高山森林中醒来,他们在那里见到了各种古怪的智慧生物,然后发现他们来到的,是连他们自己也不知道的『念界』……
在斗界入侵途中,以森罗为首的集团,联合外界人以及他们收留的其他人员的力量,在各个大城市进行着抵抗,虽然有一定效果,但是对战局并没有决定性的改变。真正改变战局的,则是幻界前一任大统领『千海 八千代』以及她率领的成千上万的机巧兵军团。信奉『极端的数量可以超越一切』的旧大统领千海,在付出了数亿万机巧兵的牺牲后(注:这数亿万机巧兵的消耗换算为纯能量,还没有斗界一个连在一次战役中的消耗多),终于配合各个独立集团消灭了绝大多数来犯之敌,包括拔除了科界各地斗界侵略军设立的7个战事指挥部在内。
然而,对事情仍旧不放心的现任幻界大统领『米卢』,亲自率领着强力的妖精和龙来到了最后一个被拔去的位于加拿大渥太华城外的指挥部废墟,并且在其中发现了一些奇怪的文档…………
另一边,被斗界攻击濒临灭国的【琥珀】王国的公主『宝玉』带着自己的魔法使用了和斗界入侵时同样的科技趁乱来到了幻界,让幻界的高层们知道了念界(以及理界)的存在。然而宝玉一行在转移途中,遭到了斗界残党的攻击而全灭,所幸其意识似乎并没消散。
面对着来自未知世界的斗界,念界和理界,幻界高层们决定近期利用斗界留下的科技开始尝试对这世界外的三个世界进行接触和研究。然而科界和数界则还剩下一大堆问题没解决……
新的故事,从此开始。
「大地坏灭,城市尽毁,死伤惨重;唯一语足志:胜利。」