02年《安倍桥的魔法商店街》第八话kuso各种galgame时已经让男主一口一个“萌え”了。也就是当时已经流行很久了，至少90年代开始用了吧。
萌娘百科这么记载：
“关于「萌」这个字现今用法的来源，至今依旧众说纷纭，以下为部分几种的说法：
来自“燃え”。1980年代末，电子通信兴起时，在输入文字“燃え”时，因为“燃え”与“萌え”同音而容易造成输入错误。燃え形容看到可爱的事物内心如火般燃烧的感情，但又与热血激昂的感情存在本质差异，因此用“萌え”来表达这种情绪。（P.S.现在，在中文ACG文化圈中，通常将“燃”作为另一种相对的意义来使用，即萌生出热血沸腾的感觉，多用于战斗、比赛、努力为某事奋斗、为人生喝彩等方面。）
来自ACG作品。根据日本同人辞典，‘萌’的来源还有其他说法。其中一个说法是出自1993年NHK放送的《天才电视君》的女主角‘鹭傼萌(SAGISAWA．MOE)’主角在她有难的时候，会大叫她的名字‘萌~！’一部分粉丝因此而模仿。另一个说法是由TV动画《美少女战士》中的土萌萤出现等等说法。
来自汉字的本身意义。根据《商务学生词典》，‘萌’指草木发芽，及比喻事物的开始，所以用作‘开始吸引目光’的‘引申义’也是有可能的。也有说是指看到美少女时，就如春天降临一样的感觉，而草木萌芽则在春天，因此就借用来代表这种‘心花怒放’的状态。”
