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4000年后，星团联邦政府军的巡洋舰成功回收漂浮于宇宙空间的黑色灵魂宝石。设置在同舰内的Incubator公司第一开发局假设实验室中，正进行着某兵器的开发。该兵器是名为HOMU-MOS的人造人。以开发主技师MADOKA为核心，不断于假想空间内进行起动以及活动试验。此时，舰桥突然响起警报。乘务员慌忙应对。得出的结论是魔女的袭击。HOMU-MOS仿如感知到GNOSIS的袭击而自动觉醒……