挺有意思的问题啊，然后Google了一下，在goo辞书找到了这一段：
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/398156.html稍微摘录翻译一点好了：
なぜ助詞の「は」は"wa"、「へ」は"e"と発音するのか
为什么助词は和へ发音成“wa”和“e”？
以前、留学生の同級生になぜ助詞の「は」は"wa"、「へ」は"e"と発音するのかということを聞かれました。
以前，一个留学生同学问我，为什么助词は和へ发音成“wa”和“e”？
勉強の足りない私にはその時はそういう物なのだとしか説明ができませんでした。
学习不足的我在当时只能解释说：“就是这么一回事啊。”
「は」は"ha"と"wa"、「へ」は"he"と"e"の2通りの読み方があるのかとも聞かれましたがそれは違うような気がするとしか答えられませんでした。
对方又问：是不是は和へ都有两种读法，即ha、wa和he、e。只能回答说：“感觉不是那样的”
あまりに当たり前すぎて疑問にも思わなかったのですが、どうかこの質問に「そういうルールなのだ」とか「伝統的にそう決まっている」とかではない、合理的な回答をお願いします。
我认为这并不算过于理所当然的问题，请不要以“这就是规则”或者“是由传统决定的”作答，而是给出合理的回答。
然后下面有六位给出了回答，我看了下第No.5，给出了发音的演变过程，大概总结一下的话是这样：
平安时期时，は行音在句节首和句节中时发音为 fa fi fu fe fo
镰仓时代，わ行音变为 ワ、イ、ウ、イェ、ヲ ，は行音随之发生了“は行转呼”的现象，在句节中被发音为
ワ（wa）、イ、ウ、イェ（这个不懂，汗，难道是ie）、ヲ
到了元禄（江户）时代，句节首的は行音发音与现代一致了，变为ハ、ヒ、フ、ヘ、ホ
18世纪中叶，わ行音发音变为wa、i、u、e、o，而は行音出现在句节中时，仍然会发生“は行转呼”
被发成
ワwa、イi、ウu、
エe、オo
这就是作为助词的 は、へ发音为wa、e的背景。
[O][/O]
就翻译这些吧，其他内容楼主有兴趣也可以看一看。